药学系下设教学机构和研究机构。教学机构有药理学教研室、药物化学教研室、药物分析教研室、药剂学教研室、临床药学教研室；研究机构包括生物分析实验室、神经突触可塑性实验室、脑功能与疾病实验室、临床药学研究所。

学科具备能高效、全面完成药理学实验的场所，主要包括：标准的细胞培养室、分子生物学实验室、电生理研究室、抗生素研究室、中药研究室、整体动物实验室；拥有大型高精度仪器多台，包括纳米粒度电位仪（英国 Malvern)、低氧工作站（英国Ruskinn Technology）、多功能微孔板检测仪（瑞士Tecan）、八通道生理记录系统（澳大利亚AD）、膜片钳系统（美国MD公司）、脑功能立体定位仪（中国瑞沃德）、高速钙离子成像系统（德国蔡司zeiss）、研究型正置荧光显微镜（日本OLYMPUS）、倒置荧光显微镜（日本NIKON）无菌自动分析仪（美国 Thermo）、冻干浓缩一体机（丹麦LABOGENE）、紫外分光光度计（美国THERMO）、蛋白电泳系统（美国BIO）、PCR扩增仪（美国BIO-RAD）、垂直电泳系统（美国BIO-RAD）、小动物呼吸麻醉系统（中国瑞沃德）等，能满足本学科高层次人才培养和科学研究的需要。